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手机短信没有删除但消失了，可能有以下几种原因。
1、可能是手机系统出现了问题，导致短信被错误地删除或移动，可以尝试重启手机或恢复手机系统来解决这个问题。
2、可能在不知情的情况下误触删除了短信，可以查看短信回收站或者已删除短信，确认是否误操作。
3、可能是手机短信容量满了，导致无法接收新的短信，可以删除一些不需要的短信，释放短信容量。
4、如果使用了某些安全软件或进行了批量处理，可能会误操作导致短信被删除，可以检查这些软件的设置和记录，确认是否有误操作。
5、手机可能被病毒感染或被黑客攻击，导致短信被恶意删除或窃取，可以下载安全软件进行病毒检测和清除。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系手机厂商客服或专业技术人员寻求帮助，重要短信请务必备份，避免丢失造成不便。